目前腸病毒中，除了小兒麻痺病毒以外，沒有疫苗可以預防，所以勤於正確洗手、保持良好個人衛生習慣，減少被傳染的機會是預防的基本方法。
1.正確的洗手方法如下：
(1)在水龍頭下把手淋濕
(2)擦上肥皂或洗手液
(3)兩手心互相磨擦
(4)兩手揉搓自手背至手指
(5)兩手揉搓手掌及手背
(6)作拉手姿勢以擦洗指尖
(7)用清水將雙手洗淨，關水前先捧水將水龍頭沖洗乾淨
(8)用乾淨的紙巾或烘手機將手烘乾
2.流行期間儘量避免出入公共場所，不要跟疑似病患(家人或同學)接觸，特別是準媽媽、幼童和新生兒，盡量避免接觸腸病毒病人。
3.家有嬰幼兒的成人工作或外出返家後，務必先更衣洗手，在摟抱、餵食嬰幼兒前，應以肥皂正確洗手。
4.罹病之學童，宜請假暫勿上課，接受治療並好好休息，同時也可避免傳染其他學童。
5.平時注意營養、均衡飲食及運動，增強個人之免疫力。也要注意環境衛生及通風。